Имеет ли преподаватель право не пустить студента на пару, если он опоздал?

Всегда можно аргументировать свою жалобу тем, что было нарушено ваше право на образование.
Пары в университете - это не только реализация вашего конституционного права на образование, но и нарушение гражданского договора, поскольку университет в лице преподавателя обязуется предоставлять вам услуги образовательного характера, а вы обязаны оплатить их предоставление (самостоятельно или за государственный счет).
Опоздание на 5 минут теоретически можно считать отказом заказчика услуг (вас) от приёма исполнения договора, поскольку университет предоставляет услуги на основании публичного договора, часть условий которого составляют правила внутреннего распорядка университета. Там может быть оговорена ваша обязанность вовремя приходить на пары.
Но даже нарушение вами этой обязанности не может служить основанием для отказа университета (в лице преподавателя) не допустить вас на пару, потому что это ваше конституционное право. Единственный случай, когда вас могли законно не допустить при опоздании - это если вы своим поздним приходом мешали другим студентам осуществлять их право на образование. Конечно же, ничье право не будет нарушено, если преподаватель просто пустит студента на пару, не отвлекаясь на переговоры с ним. А иначе разведенная преподавателем демагогия сама по себе займет кучу времени и таким образом именно он нарушит не только ваше, но и права остальных студентов.